Để phân biệt mâu thuẫn với tính cách là phạm trù của phép biện chứng với khái niệm mâu thuẫn trong lôgíc học hình thức, người ta dùng những thuật ngữ khác nhau - mâu thuẫn biện chứng và [[mâu thuẫn lôgíc hình thức]], gọi tắt là [[mâu thuẫn lôgíc]]. Tuy nhiên, không phải lúc nào cũng có những tính từ biện chứng hay lôgíc hình thức đi sau danh từ mâu thuẫn; do đó tùy theo từng ngữ cảnh mà ta có thể phân biệt thuật ngữ mâu thuẫn được dùng với nghĩa là mâu thuẫn biện chứng hay mâu thuẫn lôgíc.

Mâu thuẫn biện chứng là những mâu thuẫn tồn tại tất yếu khách quan trong tự nhiên, xã hội và tư duy. Ví dụ, mâu thuẫn giữa điện tích dương và điện tích âm, giữa lực hút và lực đẩy trong thế giới vật lý, giữa đồng hóa và dị hóa trong sinh vật, giữa giai cấp bị bóc lột và giai cấp bóc lột trong đời sống kinh tế, giữa các quan điểm, học thuyết chống đối nhau trong triết học và các lý thuyết về tự nhiên, xã hội, v.v.. Còn mâu thuẫn lôgíc là mâu thuẫn chủ quan và chỉ tồn tại trong tư duy.

Tuy nhiên, mâu thuẫn biện chứng khách quan được phản ánh thành mâu thuẫn biện chứng trong tư duy (khác với mâu thuẫn lôgíc hình thức cũng là mâu thuẫn trong tư duy). Hai loại mâu thuẫn trong tư duy này có sự khác nhau: Xét về nguồn gốc, mâu thuẫn lôgíc là do sai lầm trong nhận thức, còn mâu thuẫn biện chứng là do tính phức tạp của thế giới khách quan và của nhận thức con người. Trong mâu thuẫn lôgíc, khi đã xác định được mặt mặt (phán đoán) là chân thật (đúng) thì mặt kia chắc chắn là sai lầm (hoặc có thể cả hai đều sai lầm); còn trong mâu thuẫn biện chứng, vì mỗi tư tưởng chỉ phản ánh một mặt trong hai mặt đối lập có liên hệ biện chứng với nhau của sự vật, nên mỗi tư tưởng đều có thể chứa đựng những yếu tố chân lý nhất định (Ví dụ, với hai phán đoán: “Trong mỗi con người đều có cái thiện” và “Trong mỗi con người đều có cái ác”, không nhất thiết chỉ có một cái đúng, một cái sai). Giải quyết mâu thuẫn lôgíc chỉ đơn giản là loại bỏ một hoặc cả hai tư tưởng sai lầm; còn giải quyết mâu thuẫn biện chứng là một quá trình rất phức tạp.

Mâu thuẫn biện chứng có kết cấu gồm hai mặt đối lập và mối quan hệ giữa chúng được thể hiện trong ba khái niệm: sự thống nhất của các mặt đối lập, sự đấu tranh của các mặt đối lập và sự chuyển hóa của các mặt đối lập. Mối quan hệ của các mặt đối lập có tính tất yếu, phổ biến, lặp đi lặp lại, được phép biện chứng coi là một trong ba quy luật cơ bản của phép biện chứng - quy luật thống nhất và đấu tranh của các mặt đối lập.

Mâu thuẫn biện chứng có quá trình ra đời, phát triển từ thấp đến cao. Lúc đầu chỉ là sự khác nhau giữa hai mặt, về sau biến thành sự đối lập. Sự đấu tranh của các mặt đối lập đi từ chỗ ít gay gắt đến chỗ gay gắt hơn. Quá trình đấu tranh của các mặt đối lập cũng gắn liền với sự giải quyết thường xuyên của mâu thuẫn, nhưng đó chỉ là sự giải quyết cục bộ, tạm thời; mâu thuẫn thường xuyên được giải quyết nhưng cũng thường xuyên tái lập lại trên cơ sở mới. Chỉ khi mâu thuẫn phát triển đến trình độ chín muồi  mới được giải quyết triệt để hoàn toàn.

Sự giải quyết mâu thuẫn biện chứng không chỉ phụ thuộc vào trình độ phát triển (mâu thuẫn chưa chín muồi hay đã chín muồi) mà còn phụ thuộc vào bản chất (mâu thuẫn đối kháng hay không đối kháng; mâu thuẫn kinh tế, mâu thuẫn chính trị hay mâu thuẫn tư tưởng …) và điều kiện tồn tại của mâu thuẫn (Ví dụ, trong chế độ dân chủ hay chế độ độc tài). Sự giải quyết mâu thuẫn là quá trình khách quan phức tạp, không phụ thuộc ý chí chủ quan của con người và không được quy về việc xóa bỏ mâu thuẫn hay xóa bỏ một trong hai mặt đối lập. Mâu thuẫn chỉ được giải quyết triệt để, chỉ mất đi đã đạt đến chín muồi. Còn trong những trường hợp khác, sự giải quyết mâu thuẫn thường là sự kết hợp hài hòa giữa các mặt đối lập.