HCC liên quan đến nhiều bệnh, nó như là kết thúc của một quá trình từ bệnh nọ đến bệnh kia, thế nên nguyên nhân và yếu tố nguy cơ phức tạp và lẫn lộn. Ví dụ như:

1. nhiễm HBV/HCV → viêm gan B/C → xơ gan → HCC
2. nguyên nhân? → béo phì hoặc tiểu đường → bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu → xơ gan → HCC
3. uống nhiều đồ uống có cồn (rượu) → gan nhiễm mỡ → viêm gan nhiễm mỡ → xơ gan → HCC

Vậy yếu tố nguy cơ và nguyên nhân của những bệnh đi trước cũng có thể là của HCC. Có lẽ đơn giản chỉ nêu tên những bệnh đó, nhưng mà nếu nói mỗi xơ gan thì quá chung chung và ít thông tin. Có aflatoxin B₁ là trực tiếp gây HCC.

Về aflatoxin B₁, đây là độc tố do hai loài nấm đã nêu sản sinh có ở thực phẩm như ngô, gạo, hạt dầu, lạc, quả khô được lưu trữ không phù hợp trong điều kiện nóng, ẩm, mất vệ sinh. Nó cũng có trong sữa, thịt, và trứng của động vật đã ăn thực phẩm nhiễm độc.